ناروتو، کاکاشی، ساکورا و لی فرستاده شدن که از یه شاهزاده در سفرش به دور دنیا محافظت کنن و از این که به خونه ش در کشور ماه برمیگرده مطمئن بشن. کشور ماه یه سرزمین پولداره و به همین دلیل شاهزاده توی طول سفرش هرچی دلش میخواد میخره.

در فصل دوم شاهد اقتباس آرک‌های دره‌ی نفلیم و سایه‌ی قاتل شب خواهیم بود. در بخش دره‌ی نفلیم، سانراک تصمیم می‌گیرد از SLF کناره گیری کند، در حالی که در بخش سایه‌ی قاتل شب، او با یکی از خطرناک‌ترین دشمنان خود یعنی لایکگان، روبرو می شود. 

تا فصل سوم متوجه شدیم که دکتر استون درباره سنکو ایشیگامی است که پس از وقوع یک رویداد اسرارآمیز که در آن بشریت به مدت 3700 سال متحجر (تبدیل به سنگ) شده بود، وظیفه دشوار بازسازی تمدن بشری را بر عهده می گیرد. فصل جدید سنکو و تیم علمی او را دنبال می کند که مأموریت خود را به آمریکا برای جمع آوری مواد مورد نیاز برای برنامه فضایی خود آغاز می کنند. نیروهای چالش برانگیز و غیرقابل تحمل جدیدی را که دارای فناوری های پیشرفته تر مانند هواپیما، پلی گراف و سلاح گرم هستند، آشکار می شوند که پیش بینی کننده مبارزه بزرگ دیگری برای سنکو و خدمه اش است.

پس از اتمام کارشان در شهر یورک‌نیو، لیریو پالادینایت و کوراپیکا به دنبال شایعاتی درباره دیده شدن پسری با چشمان قرمز سرخ می‌گردند. چرا که اعتقاد دارند این فرد ممکن است یکی از بازماندگان قبیله‌ منقرض‌ شده‌ کورتا باشد. کوراپیکا امیدوار است به جز خودش، فرد دیگری از قبیله را پیدا کند، اما در عوض پس از حمله‌ای از سوی کسی که به نظر می‌رسد دوست دوران کودکی اوست، هر دو چشم خود را از دست می‌دهد.
لیریو از کوراپیکا مراقبت می‌کند و سپس برای کمک به بازگرداندن چشم‌های او، هم با گون فریکس و هم کیلوا زولدیک تماس می‌گیرد. با این حال، جستجوی آن‌ها باعث رویارویی‌شان با گروه بدنام دزدان به نام «گروه فانتوم» می‌شود. همان افرادی که پنج سال پیش، کل قبیله‌ی کورتا را به خاطر چشمان قرمزشان که در لحظات خشم تغییر رنگ می‌دهند، قتل عام کردند.
این فیلم ماجراجویی پسران برای یافتن چشمان دوستشان و دستگیری دزد را دنبال می‌کند و آن‌ها را به اعماق گذشته‌ گروه فانتوم می‌کشاند. در همین حین، با دختری مرموز روبرو می‌شوند که به نظر می‌رسد به تمام این ماجراها مرتبط است...