در این انیمه در سال های دور عصر فراگیر، درگیری‌ها همچنان ادامه دارد. جنبش‌های استقلال طلبانه و تهاجمات کاسموس آبی، اوضاع را آشفته کرده است. برای آرام کردن اوضاع، یک سازمان نظارت جهانی صلح به نام کامپس تاسیس می‌شود و لاکوس به عنوان اولین رئیس آن انتخاب می‌شود.
کیرا و همرزمانش به عنوان اعضای کامپس در نبردهای منطقه ای مختلف دخالت می‌کنند. سپس یک کشور تازه تأسیس شده به نام فاونديشن، عملیاتی مشترک علیه یکی از پایگاه‌های اصلی کاسموس آبی پیشنهاد می‌کند.

زمین توسط امپراتوری شیطانی ایلومیدوس تسخیر شده، با توجه به تشابه‌هایی که با اشغال ژاپن پس از جنگ جهانی دوم آمریکا اتفاق افتاده بود. کاپیتان هارلوک با گروهی که دوستان دیرینه‌ش حساب میشن، مبارزه‌ی خودش رو علیه این استبدادی که بر زمین حکومت کرده، آغاز می‌کنه، بدون در نظر گرفتن هزینه‌هایی که این مبارزه برای آنها خواهد داشت، تنها به ایده برگردوندن آزادی به مردم زمین اهمیت میده.