نبرد سرنوشت ‌ساز در خلیج Leyte در برابر ناوگان Abyssal Fleet، دشمنان مرموزی که دریاها را تسخیر کرده‌اند، نزدیک است. تنها کسانی که می‌توانند با آن‌ها مبارزه کنند، کانموزو هستند؛ دختران جوانی که روح ناوهای جنگی را در خود جای داده‌اند. آن‌ها برای رویارویی با دشمن، دوباره متحد می‌شوند. شیگوره ناوشکنی سبک از کلاس شیراتسویو، به نیروی ضربت اول بخش سوم (که با نام 1YB3H نیز شناخته می‌شود) تعیین شده است.
متأسفانه برای شیگوره 1YB3H از معدود کانموزوهای باقیمانده تشکیل شده و به عنوان نیروی منحرف‌ کننده عمل می‌کند. آن‌ها در حالی که نیاز به رویارویی مستقیم با ناوگان دارند، این مأموریت ممکن است اولین و آخرین مأموریت آن‌ها با هم باشد. با این حال شیگوره اجازه نمی‌دهد دشمن یک همرزم دیگر را از او بگیرد. در حالی که آن‌ها در طول این عملیات به سمت خلیج لیته پیش می‌روند، اعضای نیروی ضربت اول باید از یکدیگر حمایت کنند و برای اثبات شایستگی خود به عنوان کشتی‌های توانمند، استقامت به خرج دهند.

در اعماق کوهای آرارات ترکیه، یه گروه مخفی به نام آرکام چیزی رو که به نظر میرسه کشتی نوح هست رو پیدا می کنن. اما نیروهای ماشینی آمریکا که یه سازمان سرکش و قانون شکن پنتاگون هست می خواد که برای برتری جویی جهانی این کشتی رو تصاحب کنه. تنها یک اپراتور ویژه آرکام به نام اسپیریگان سر راه اونا قرار داره. عضو ژاپنی اسپیریگان یو امینائه به اسپیریگان فرانسوی ژان ژاک موندو ملحق میشه تا با اعضای نیروهای ماشین آمریکا که توسط کلنل مکدوگال هدایت میشن که پسریست که به صورت ژنتیکی ارتقا پیدا کرده و دارای قدرتهای ذهنی ماورالطبیعه خطرناکی داره. اونا باید به سرعت عمل کنن تا جلوی مکدوگال رو بگیرن قبل از این که اون از کشتی برای مقاصد خودش استفاده کنه.