چهارده سال پس از ضربه سوم، زمین به یک ویرانه پسا آخرالزمانی تبدیل شده. تمدن ملت ها جز ویرانه نیست و مردمی که شینجی ایکاری می‌شناسد تقریباً غیرقابل شناسایی هستند. او که درون واحد Evangelion Unit-01 به دام افتاده، توسط آسکا لانگلی شیکینامی و ماری ایلوستریوس ماکینامی از فضا نجات پیدا می‌کند. اما خود را اسیر ویله می‌بیند که یک گروه نظامی است.
متحدان سابق او با سردی و تلخی به او نگاه می‌کنند و از حمایت او در حالی که او با عواقب اعمالش کنار می‌آید، خودداری می‌کنند. شینجی آزاردیده و گیج توسط ری آیانامی از ویله نجات پیدا می‌کند و به مقر نِرو برگردانده می‌شود. در آنجا با کاورو ناگیسا فردی مرموز، آشنا می‌شود و به سرعت با او دوست می‌شود. کاورو گرمی و بینشی در مورد وضعیت جنگ نِرو با فرشتگان به او ارائه می‌دهد.
اما زمان آرامش کوتاه شینجی و کاورو درست در آستانه نبردی جدید است، نبردی که در آن شینجی متوجه می‌شود دشمنانش دیگر فرشتگان نیستند، بلکه همرزمان سابقش هستند. شینجی در این رویارویی تلخ برای تعیین سرنوشت جهان، به طور مستقیم خواهد فهمید که گذشته قابل جبران نیست.

«میو ساساکی» یک دختر دبیرستانی پرانرژی است که خانواده‌ی عجیبش نمی‌توانند با او ارتباطی برقرار کنند. با این حال این دختر، پسری به نام «کنتو هینود» را به عنوان پناهگاهی در برابر تمام مسائل شخصی‌اش می‌بیند و نمی‌تواند جلوی خود را بگیرد تا به این پسر عشق نورزد. «میو» متوجه می‌شود که نمی‌تواند توجه «کنتو» را به خودش جلب کند، در نتیجه تصمیم می‌گیرد به شکل یک گربه‌ی سفید در بیاید تا شاید به این شکل بتواند توجه او را جلب کند. خوشبختانه، توجه «کنتو» جلب می‌شود، اما «میو» به زودی متوجه می‌شود که نمی‌تواند به این سؤال پاسخ دهد که آیا به عنوان یک گربه به رابطه خود با «کنتو» ادامه دهد یا هویت واقعی خود را آشکار کند...

در آینده ای نه چندان دور، پیشرفت تکنولوژی موجب شده که ترکیب بدن انسان با تکنولوژی ماشینی ممکن باشد. چنین قابلیتی باعث افزایش قابل‌توجه توانایی فیزیکی و سایبرتکنیکی شده که خطوط جهان انسانی و ماشینی را محو می‌کند و انسان‌های نیمه‌ماشین/ نیمه‌انسان را پدید می‌آورد. با این حال، مجرمان نیز می‌توانند از چنین فناوری‌هایی استفاده کنند که منجر به ایجاد جرایم جدید و گاه بسیار خطرناک می‌شود.

پس از تلاش ناموفق NERV ها برای بازیابی نیزه‌های لونگینوس و اجرای پروژه‌ی ابزارمندی بشر، نابودی ناشی از برخورد چهارم تا حد زیادی مهار شده است. در وضعیتی آشفته، شینجی ایکاری، آسوکا لانگلی شیکینامی و ری آیانامی به دهکده‌ی 3 (یک سکونت‌گاه برای بازماندگان به دور از ویرانی زمین) سفر می‌کنند. در آنجا، شینجی به تدریج با گذشته‌ی خود کنار می‌آید و زندگی کاملاً متفاوتی را نسبت زندگی قدیمش به عنوان خلبانِ اوانگلیون می‌سازد.
در همین حال، نِرو با استفاده از برخوردی جدید، برای ادامه‌ی پروژه‌ی ابزارمندی آماده می‌شود. با رسیدن کشتی‌ جنگی هوایی اصلی با نام ویله به دهکده، شینجی تصمیم می‌گیرد با اعتقاد به اینکه می‌تواند با هدایت یک اوانگلیون کمک کند، سوار آن شود. با کشف رازهای جدید و نزدیک شدن نبرد بین ویله و نِرو، سرنوشت زمین در خطر است. آیا شینجی می‌تواند برای آخرین بار، بشریت و بقیه‌ی جهان را نجات دهد؟