به دنبال وقایع تلخ ایگا، جزیره کوکوجو، راکویو و رویارویی های بی ثمر متعدد ناراکو و تندوشو، «گینتاما: پوروری-هن» بینندگان خود را به سفری در گذشته می برد. به زمانی که یوروزویا همیشه خدا، بهترین کار را انجام می دادند. شکارچی بزرگ فضایی اومی بوزو به ادو بازگشته است و وقتی متوجه می شود دخترش کاگورا دوست پسر دارد عصبانی می شود. او گینتوکی را سرزنش می کند که یک سرپرست نالایق است، اما آیا بالاخره زمان آن فرا رسیده است که دخترش را رها کند؟

بعد از عقب نشینی موقت ارتش آزادی خواه آتلانا از منطقه کابوکی، به نظر می‌رسد وضعیت جنگ بهبود یافته است. در همان حال که نیروهای اونیوابان، شینسنگومی و ساکنان منطقه  در نبرد با باقی مانده ارتش هستند؛ بزرگ‌ترین مخترع شهر ادو، گنگای هیراگا، ربوده می‌شود. علت عقب نشینی دشمن، غیرفعال شدن اسلحه‌هایشان به دست ویروس نانوماشین گنگای بود؛ اما این ویروس نیز در خطر نابودی قرار گرفته و ممکن است کارایی خود را از دست بدهد.
از طرفی، لیزری با توانایی نابود کردن یک سیاره کامل، از روی کشتی اصلی ارتش آزادی خواه، بر روی مدار زمین فعال شده است. با رسیدن شینسوکه تاکاسوگی و باقی مانده کیهتای (ارتش سربازان جهنمی)، جنگ عظیم دیگری شروع می‌شود. یوروزویا و متحدانش در دو جنگ تحمیلی باید پیروز شوند؛ در غیر این صورت شهر Edo و کل جهان نابود می‌شود.

داستان درباره یه دختر بچه به اسم کوهیناست که به شکل اتفاقی یه روح رده پایین به اسم کوکوری-سان رو احضار می کنه. کوکوری-سان شبیه یه مرد مو سفید جوون و خوش قیافه است و اول تصمیم داره که کوهینا رو برای منافع شخصیش تسخیر کنه ولی بعد متوجه عادت های بد کوهینا میشه و تصمیم میگیره از طریق تسخیرش به اون کمک کنه که این عادت های بد رو ترک کنه.

جوشیراکو مکالمات بین 5 دختر داستانگوی راکوگو درباره اتفاقات عجیبی که هر روز برای آن ها می افتد می شنید. صحبت های ظنز آن ها هر موضوعی داشت، از مشاهده ی بی هدف زندگی هر روزه، تا سیاست، مانگا، و... .هر دختر چیز تازه ای برای اضافه کردن به بحث داشت، و هیچوقت بحث از جایی که شروع شده بود خاتمه نمی یافت. هر کدام از دخترهای راکوگو شخصیت منحصر به خودش را داشت، ماریی بوراتی پرانرژی و ناپخته، کیگورومی هاروکیتی زیبا، تتورا بوهاتی ذاتا خوش شانس و بی خیال، گانکیو کوروبیوتی خونسرد و خشن؛ و کوکورو آنراکوتی بدبین و ناپایدار. این دخترها- و دوست مرموزشان با ماسک کشتی – مشاهداتشان را برای بیننده های تئاتر در راکوگو یا محل های معروف اطراف توکیو تعریف می کنند.

در فصل قبل دیدیم که هاریما کنجی داستان ما که عاشق سوکاموتو تنما شده بود تمام تلاش خودش رو برای رسیدن به عشقش کرد، ولی هیچوقت نتونست عشق خودش رو اعتراف کنه! از اون طرف سوءتفاهم هایی که بین کنجی و ساواچیکا اری افتاد باعث نزدیک شدن این دو متنفر از هم شد البته اتفاق هایی که بین سوکاموتو یاکومو و کنجی افتاد رو هم نمیشه نادیده گرفت و حالا ادامه داستان…