در آینده نزدیک، یک شهاب‌سنگ غول‌پیکر با زمین برخورد کرده است و همه موجودات زنده از جمله نوع بشر را منقرض کرده است. با این حال تنها جمعیتی که ژاپن باقی مانده، پنج گروه از مردان و زنان است که برای فرستادن به آینده انتخاب شده‌اند تا شاید بتوانند بشر را نجات دهند.  در حالی که هر فرد دیگری که انتخاب می‌شود استعداد مفیدی مانند هنرهای رزمی، دانش یا معماری دارد، «ناتسو» یک دختر دبیرستانی خجالتی است که حتی نمی‌تواند صدای خود را برای فریادزدن بلند کند.  دنیای جدید به شکلی باورنکردنی خطرناک است و این دختر دبیرستانی که گمان می‌کند هیچ مهارت مفیدی ندارد، باید با دیگر همراهانش سفر خطرناکی را آغاز کند...

شش ماه گذشته و ایکوما و مومی با رسیدن به قلعه‌ی آهنی، قدم به اوناتو می‌گذارند: منطقه‌ی ویران‌شده‌ دیگری که در چنگال کابانه‌های مرگبار گرفتار شده است. در این منطقه‌ی جنگ‌زده، گروه با کابانه‌های خطرناک‌تری مبارزه می‌کنند که با الگوهایی حمله می‌کنند که قبلاً هرگز ندیده بودند. خدمه‌ی قلعه‌ی آهنی سرانجام با گروهی از بازماندگان ملاقات می‌کنند که از آن‌ها برای پس گرفتن دوباره منطقه درخواست کمک می‌کنند.
این اتحاد تازه شکل‌گرفته، عمیق‌تر به قلعه نفوذ می‌کند و مورد عجیب این کابانه‌های جدید را بررسی می‌کند. اما جستجوی آن‌ها برای یافتن پاسخ، حقایقی را آشکار می‌کند که بسیار وحشتناک‌تر از آن چیزی است که تصور می‌کردند. ایکوما، مومی و متحدانشان به ناامیدی عمیقی که در اوناتو دفن شده است پی می‌برند.