یک سال از زمانی که شیرو و دوستانش به دلیل فاجعه در آکیبا گرفتار شدند، می‌گذرد. تلاش‌های آن‌ها برای برقراری میزگرد نظم و رفاه را برای مردم این شهر به ارمغان آورده است. اما اتحادهای سیاسی در حال فروپاشی و تهدید دائمی هیولاهای باهوش، تمام دستاوردها و بناهای آن‌ها را در معرض خطر بی‌ثباتی قرار می‌دهد. آیا ایمان دوباره برقرار می‌شود و آن‌ها می‌توانند مقاومت کنند، یا نابودی آن‌ها واقعاً اجتناب‌ناپذیر است؟

پس از کسب نتایج درخشان در رویدادهای قبلی New World Online، گروه مشهور "درخت افرا" برای کاوش در طبقات جدید معرفی ‌شده بازی هیجا‌ن زده هستند. شهرت و ترس برای آن‌ها کافی نبوده و حالا هر عضو گروه برای یافتن مهارت‌های قدرتمندتر برای خود و بیشتر کردن گزینه ‌هایشان در نبردهای آینده، انگیزه بیشتری پیدا کرده اند. همچنین بدون فراموش کردن اهمیت برقراری روابط، گروه درخت افرا با دیگر گروه‌های برجسته مانند "پادشاهی امپراطور شعله" و "انجمن شمشیرهای مقدس" روابط دوستانه ‌ای برقرار می‌کند. اعضای این گروه به فرماندهی استاد عجیب و غریب خود مپل، همچنان به روش‌های خلاقانه‌ای برای به کارگیری مهارت‌هایشان دست پیدا می‌کنند و در این مسیر سازندگان بازی را دیوانه می‌کنند...

رِیجی موکودُری که قراره بزودی به دانشگاه بره، ۲ سال پس از عرضه‌ی اولین بازی کامل VRMMO که قابلیت شبیه‌سازی کامل حواس پنجگانه رو داره، این بازی رو میخواد تجربه کنه. با کمی کمک از طرف برادر با تجربه‌ش و همکارش، اِمبریو، رِیجی ماجراجوی جدیدی رو در این دنیا آغاز میکنه. چه چیزی در این دنیای پر از احتمال و شبیه واقعیت انتظار اون رو میکشه؟ با رِیجی همراه باشید تا اسرار این دنیا را اکتشاف کنیم.

در فصل دوم شاهد اقتباس آرک‌های دره‌ی نفلیم و سایه‌ی قاتل شب خواهیم بود. در بخش دره‌ی نفلیم، سانراک تصمیم می‌گیرد از SLF کناره گیری کند، در حالی که در بخش سایه‌ی قاتل شب، او با یکی از خطرناک‌ترین دشمنان خود یعنی لایکگان، روبرو می شود. 

عمر آساهی همزمان با مرگ شخصیت ساختگی اش در بازی نقش آفرینی که در سطح جهان شناخته شده، به پایان رسید. اعضای سوبارو وقتی به خاطر مرگ آساهی، اتحاد از بین رفت، به راه های جدای خود رفتند. 6 سال بعد، هاروتو به نسخه‌ی جدید و بازسازی شده از این بازی که ری یونیون نام دارد وارد شده و آساهی که مرده بود را پیدا می‌کند. حالا، واقعا این آساهی خودش هست یا اینکه یک روح الکترونیکی از اوست؟ اعضای سابق این تیم باری دیگر جمع میشوند تا وارد این بازی مرموز و مرگبار شوند تا واقعیت را پیدا کنند.