داستان حول محور یک دانشجو به نام تسونئو و یک رویاپرداز به نام جوسه که زندگی‌اش رو روی یک ویلچر می‌گذراند، می‌چرخد. جوسه روزهایش را اغلب وقف مطالعه و نقاشی می‌کند تا این که با تسونئو برخورد میکند و تصمیم میگیرد که دیگر باید با دنیای واقعی رو به رو شود.

«بستار» لقبی است که به جانورانی اعطا می‌شود که با مبارزه با نابرابری و متحد کردن گوشت‌ خواران و گیاه ‌خواران در جامعه حیوانات انسان‌نما، برتری خود را ثابت می‌‌کنند. آکادمی چریتون پنج سال است که بدون چنین رئیسی سپری کرده است. با این حال، پس از قتل یک آلپاکا در محوطه‌ی مدرسه، تنش بین گونه‌های مختلف زیاد شده و نیاز به بستار را برای حفظ صلح و هماهنگی افزایش می‌دهد.
لوئیس، گزینه اصلی برای این نقش پرافتخار، پیشنهاد را رد می‌کند و آکادمی را ترک می‌کند. در همین حال، شورای دانش‌آموزی اعلام می‌کند هر دانش‌آموزی که بتواند مجرم قتل مذکور را دستگیر کند، به عنوان بستار شناخته خواهد شد. در همین حال، احساس وظیفه‌ی لگوسی به عنوان یک گرگ قوی که باید از ضعیف ها محافظت کند، او را به سمت تحقیق در مورد این حادثه سوق می‌دهد. او همچنین برای مدیریت احساسات پیچیده‌اش نسبت به هاروبی، خرگوش سفید، با مشکلات بیشتری روبرو است.

چهارده سال پس از ضربه سوم، زمین به یک ویرانه پسا آخرالزمانی تبدیل شده. تمدن ملت ها جز ویرانه نیست و مردمی که شینجی ایکاری می‌شناسد تقریباً غیرقابل شناسایی هستند. او که درون واحد Evangelion Unit-01 به دام افتاده، توسط آسکا لانگلی شیکینامی و ماری ایلوستریوس ماکینامی از فضا نجات پیدا می‌کند. اما خود را اسیر ویله می‌بیند که یک گروه نظامی است.
متحدان سابق او با سردی و تلخی به او نگاه می‌کنند و از حمایت او در حالی که او با عواقب اعمالش کنار می‌آید، خودداری می‌کنند. شینجی آزاردیده و گیج توسط ری آیانامی از ویله نجات پیدا می‌کند و به مقر نِرو برگردانده می‌شود. در آنجا با کاورو ناگیسا فردی مرموز، آشنا می‌شود و به سرعت با او دوست می‌شود. کاورو گرمی و بینشی در مورد وضعیت جنگ نِرو با فرشتگان به او ارائه می‌دهد.
اما زمان آرامش کوتاه شینجی و کاورو درست در آستانه نبردی جدید است، نبردی که در آن شینجی متوجه می‌شود دشمنانش دیگر فرشتگان نیستند، بلکه همرزمان سابقش هستند. شینجی در این رویارویی تلخ برای تعیین سرنوشت جهان، به طور مستقیم خواهد فهمید که گذشته قابل جبران نیست.

«میو ساساکی» یک دختر دبیرستانی پرانرژی است که خانواده‌ی عجیبش نمی‌توانند با او ارتباطی برقرار کنند. با این حال این دختر، پسری به نام «کنتو هینود» را به عنوان پناهگاهی در برابر تمام مسائل شخصی‌اش می‌بیند و نمی‌تواند جلوی خود را بگیرد تا به این پسر عشق نورزد. «میو» متوجه می‌شود که نمی‌تواند توجه «کنتو» را به خودش جلب کند، در نتیجه تصمیم می‌گیرد به شکل یک گربه‌ی سفید در بیاید تا شاید به این شکل بتواند توجه او را جلب کند. خوشبختانه، توجه «کنتو» جلب می‌شود، اما «میو» به زودی متوجه می‌شود که نمی‌تواند به این سؤال پاسخ دهد که آیا به عنوان یک گربه به رابطه خود با «کنتو» ادامه دهد یا هویت واقعی خود را آشکار کند...

داستان با ماکیوا شروع میشه. ماکیوا عضو خانواده ایه که اعضاش در اواسط نوجوانی رشدشون متوقف میشه. اما وقتی ارتش برای این که راز جاودانگیشون رو بفهمن بهشون حمله میکنن، صلحی که داشتن خراب میشه. لیلیا، زیباترین دختر قبیله، بُرده میشه و پسری که ماکیوا نسبت بهش احساسات مخفی داره ناپدید میشه. ماکیوا موفق میشه فرار کنه ولی خونه و دوستانش رو از دست میده. وقتی تنها در جنگل سرگردانه، اریال رو پیدا میکنه که یک پسر بچه ـست که والدینش رو از دست دادن. داستان درمورد رابطه بین ماکیوا و پسرکه در حالی که پسرک رشد میکنه اما ماکیوا نه.

این انیمه داستانی جذاب در مورد مدرسه ای بسیار معتبر به نام «دبیرستان پیشرفته متروپولیتن توکیو» را روایت می کند. مدرسه ای که شبیه هیچ مدرسه دیگری نیست. در این دبیرستان فقط با استعدادترین و باهوش ترین دانش آموزان مجاز به پذیرش هستند. این دانش آموزان که در جزیره ای مجلل با احتمالاً هر چیزی که نیاز داشته باشند، زندگی می کنند، صرفاً براساس ویژگی های برجسته علمی و فوق درسی پذیرش می شوند. هرکسی که بتواند در این دبیرستان زنده بماند، شانس صد درصد برای ورود به دانشگاه مورد نظر خود را دارد و همچنین احتمال دستیابی به شغلی با درآمد بالا در آینده رو نیز بالا می برد...

وایولت اورگاردن وارد آموزشگاه دخترانه‌ای میشود تا درباره‌ی اسلوب بانو بودن به ایزابلا آموزش دهد. ایزابلا به خاطر وارث خاندان یورک بودنش، احساس اسیر بودن در این دنیای ناراحت و جدید میکند. او هنوز غم تنها کسی که شادی برایش میاورد را در دل دارد و حالا تنها به او فکر میکند. آموزه‌های وایولت اندکی او را از افسردگی رها میکند و با نبود شادی چقدر درمان کامل طول میکشد؟